Con el propósito de preservar la vida silvestre de las lagunas costeras y evitar el deterioro de esos ecosistemas, Pro Esteros realiza diversas actividades de conservación entre las cuáles podríamos mencionar las siguientes:

• Interactuamos con las diferentes autoridades como SEMARNAT, Municipio, Dirección de Ecología del Estado, Procuraduría de Protección al Medio Ambiente y Secretaría de Turismo. Hemos establecido una excelente comunicación con los representantes de las diferentes dependencias, lo cual facilita las acciones de protección de las lagunas costeras, nosotros les facilitamos la información científica que obtenemos a través de nuestros miembros y otros grupos, los orientamos sobre quienes pueden apoyarlos en la realización de estudios o proyectos de investigación o los realizamos nosotros directamente, los invitamos a participar en los eventos que organizamos lo cuál mejora enormemente su imagen pública y en general les proporcionamos alternativas de solución para el mejoramiento del medio ambiente.

• Con el apoyo de nuestros voluntarios realizamos acciones de protección de las especies en peligro como el gallito marino, determinando las areas de anidación, colocando señalamientos y manteniendo una estrecha vigilancia en las zonas de mayor fragilidad.

• Expedimos volantes y folletos informativos sobre las actividades que se pueden y que no se pueden realizar en el estero.

• Con el apoyo de uno de los miembros de Pro Esteros, Licenciado en Derecho, se elaboró el Reglamento Ecológico del Municipio de Ensenada.

• Somos miembros de diversos comités, lo que nos permite ser una voz colsultiva en la toma de decisiones y planes de desarrollo así como estar al día en materia ecológica y conservación, tales como el Comité ambiental de las Naciones Unidas para la Región San Diego - Tijuana, el Comité de Planeación y Desarrollo del Estado (COPLADE), el Comité de Planeación y Desarrollo Municipal (COPLADEM) y el Comité Conjunto México-Estados Unidos para la conservación de la vida silvestre.

• Mantenemos una estrecha comunicación con otras organizaciones no gubernamentales, de ambos lados de la frontera, lo que nos permite apoyar a otros grupos como el nuestro en su labor.

A lo largo de estos años hemos generado mayor conciencia sobre la importancia de cuidar y proteger  los humedales costeros de nuestra región. Hemos desarrollado planes de manejo y de ordenamiento para proteger algunos de estos sitios únicos.

En colaboración con otras organizaciones, instituciones y comunidades, participamos activamente en campañas para detener proyectos que han amenazado importantes humedales costeros, el mejor ejemplo es nuestra victoria en la campaña internacional para la defensa de la laguna San Ignacio.